Eierstockzysten sind oft nur wenige Zentimeter groß und verursachen deshalb keine typischen frühen Beschwerden - unabhängig davon, ob sie gut- oder bösartig sind. Werden die Zysten größer, können sie Druck auf die Nachbarorgane ausüben und dadurch dumpfe Unterbauchschmerzen, Rückenschmerzen, Schmerzen beim Verkehr oder Stuhlgang und Verstopfung hervorrufen. Ebenso können schmerzhafte Regelblutungen, Blutungen vor der Geschlechtsreife oder nach den Wechseljahren, eine Zunahme des Bauchumfangs oder ein Völle- oder Schweregefühl Anzeichen für Eierstockzysten sein.

Starke, kolikartige Schmerzen deuten hingegen auf Komplikationen hin, die manchmal mittels Bauchspiegelung abgeklärt werden müssen.