In der Regel sind Komplikationen bei Eierstockzysten selten. Vorkommen können:

• Platzen einer Zyste
  Die Wahrscheinlichkeit, dass eine Zyste platzt, liegt unter 10 %. Dies geschieht meist spontan und ohne äußere Einwirkung. Das Platzen einer Zyste kann zwar starke Schmerzen verursachen, ist aber in der Regel ungefährlich. Wird dabei jedoch ein Blutgefäß auf der Zystenoberfläche verletzt, können bedrohliche Blutungen ins Bauchinnere und ein Kreislaufschock die Folge sein. Eine Notfalloperation ist unumgänglich.
  Platzt eine bösartige Zyste (Ovarialkarzinom), können weitere Wucherungen im Bauchinnenraum die Folge sein.
• Stieldrehung
  Starke Schmerzen, die mit Übelkeit, Erbrechen, Pulsbeschleunigung oder einem Schweißausbruch einhergehen, können auf eine Stieldrehung hindeuten. Dabei dreht sich die flüssigkeitsgefüllte Zyste um die eigene Achse. Sie stranguliert dabei die zuführenden Blutgefäße des Eierstockes, der dann abzusterben droht. Die Stieldrehung wird durch ruckartige Körperbewegungen ausgelöst, die schnell abgebremst werden. Ihre Häufigkeit liegt bei 10%. Im Extremfall reißen Blutgefäße, was zu gefährlichen inneren Blutungen führen kann.
  Bei einer Stieldrehung ist eine Operation nötig. Meist wird eine Bauchspiegelung (Laparoskopie) durchgeführt. Oft genügt es, die Zyste zurückzudrehen und abzuwarten, ob sie sich erholt. Ist das Gewebe bereits abgestorben, muss der Eierstock entfernt werden.
• Dauerblutungen der Gebärmutter
  In der Schleimhaut der Eierstockzysten werden Hormone gebildet, die den Menstruationszyklus beeinflussen und auch zu mehrwöchigen Dauerblutungen der Gebärmutter (Uterus) führen können. In der Regel können die Beschwerden mit einer Hormontherapie behoben werden. Bei Frauen nahe den Wechseljahren kann eine Ausschabung der Gebärmutter sinnvoll sein.
• Bösartige Entartung
  Eierstockzysten sind zwar meistens gutartig, bergen aber die Gefahr, sich zu bösartigen Erkrankungen (Eierstockkrebs) zu entwickeln. Deshalb sollten sie einer ständigen ärztlichen Kontrolle unterliegen, bis sie nicht mehr nachweisbar oder im Zweifelsfalle operativ behandelt worden sind.