Ein Missbrauch kann nachhaltige Störungen der psychosexuellen Entwicklung zur Folge haben, zu Traumatisierungen führen oder lebenslange psychische Störungen verursachen. Er ist mit Gefühlen der Angst, der Erregung, Hilflosigkeit und eventuell auch mit heftigen körperlichen Schmerzen verbunden. In der akuten Missbrauchssituation fehlt den Kindern oft jede Abwehrmöglichkeit. Die Situation wird als Trauma - wie ein sich ständig wiederholender Unfall erlebt - an den die Erinnerungen nur bruchstückhaft oder gar nicht mehr vorhanden sind. Die Aufdeckungsarbeit und die Erinnerungstherapie haben jedoch auch zu Fällen falscher Beschuldigung und suggestiver Beeinflussung von Kindern geführt.

Betroffene Kinder können unter psychosomatischen Beschwerden, Ängsten und starken Stimmungsschwankungen leiden. Besonders jüngere Kinder haben meist starke Scham- und Schuldgefühle. Die Reaktion eines Kindes auf eine sexuelle Misshandlung kann sehr unterschiedlich ausfallen. Manche Kinder ändern ohne ersichtlichen Grund ihr Verhalten, andere wirken verschlossen, bedrückt oder depressiv, sind sehr nervös oder unüblich aggressiv. Aufreizende und unangemessene sexuelle Handlungen können eine Reaktion auf das Erlebte darstellen. Auch der Rückfall in infantile Verhaltensweisen, Essstörungen oder Schlafprobleme können auf einen Missbrauch hindeuten. Dennoch sind diese Symptome kein sicheres Anzeichen für das Vorliegen eines Missbrauchs.

Auch wenn ein Kind keine offensichtliche Reaktion zeigt, heißt dies nicht, dass keine Spätfolgen eintreten können. Im Erwachsenenalter neigen missbrauchte Kinder dazu, selbst in die Täterrolle zu verfallen oder sexuelle Gewalt in der Beziehung zu tolerieren. Sie können unfähig sein, längerfristige Bindungen einzugehen und Süchte, Essstörungen oder Depressionen entwickeln. Mit zunehmendem Altersunterschied, zunehmendem Verwandtschaftsgrad, mit der Rolle des Täters als Vaterfigur sowie mit zunehmender Dauer des Missbrauchs steigt das Risiko psychischer Folgeerscheinungen.