In der Scheide befinden sich bestimmte Bakterien, die keine Krankheiten auslösen, sondern für das gesunde, saure Milieu verantwortlich sind. Dabei handelt es sich um Laktobazillen, die Milchsäure produzieren. Die saure Umgebung bewirkt, dass Krankheitserreger nur sehr schlecht oder gar nicht wachsen können. Nur eine Besiedlung der Scheide mit Laktobazillen wird als Normalflora bezeichnet. Die Anzahl an Laktobazillen in der Scheide ist östrogenabhängig, und damit abhängig vom Monatszyklus. Während der Menstruation und kurz danach ist die Anzahl niedriger, nimmt dann aber auf Grund der steigenden Östrogenkonzentration wieder zu. Laktobazillen sind empfindlich gegen sehr viele Antibiotika. Ist eine Einnahme auf Grund einer anderen Erkrankung notwendig, so werden auch die Bakterien der Scheide abgetötet, wodurch die Vaginalflora stark beeinträchtigt wird. Als Folge können vermehrt Pilzinfektionen in der Scheide auftreten.