Meist begeben sich die Betroffenen nicht aus eigenem Antrieb in medizinische Behandlung. Wohlgemeinte Ratschläge von Freunden oder Angehörigen, mehr zu essen, sind kaum hilfreich und bewirken in der Regel das Gegenteil. Die Magersüchtigen wollen sich nicht eingestehen, dass sie ernsthaft krank sind. Der erste und schwierigste Schritt besteht darin, den Betroffenen für eine Therapie zu motivieren.

Deswegen steht vor dem Therapiebeginn die Einsicht der Magersüchtigen, dass sie ernsthaft krank ist und Hilfe benötigt. Eine begleitende Psychotherapie über mehrere Jahre hinweg ist nötig, um ihre Körperwahrnehmung zu korrigieren. Häufig bezieht der Psychotherapeut die ganze Familie in die Therapie mit ein und versucht dabei ungelöste Konflikte aufzuarbeiten.

Ziel der Behandlung ist in erster Linie eine Gewichtszunahme um 0,3 bis ein Kilogramm pro Woche, und zwar bei Mädchen bis die Menstruation wieder eintritt und bei Jungen bis das Normalgewicht erreicht ist. Mittels Ernährungstherapie lernen die Betroffenen, sich ausgewogen zu ernähren und regelmäßig zu essen (drei Haupt- und zwei Zwischenmahlzeiten). Nach und nach wird ihr Speiseplan um „verbotene" Lebensmittel wie Milch, Butter etc. erweitert. Ein wichtiger Bestandteil der Therapie ist das gemeinsame Zubereiten und Essen von Speisen. Gegebenenfalls kann der Facharzt die Behandlung mit Medikamenten unterstützen (Psychopharmaka, Nahrungsergänzungsmittel, Vitaminpräparate etc.). Das Gewicht der Patienten wird einmal wöchentlich in der Arztpraxis kontrolliert.

Schlägt ein ambulanter Therapieversuch fehl, nimmt das Untergewicht lebensbedrohliche Ausmaße an oder besteht Selbstmordgefahr geht kein Weg an einer Einweisung (auch gegen den Willen der Betroffenen) ins Krankenhaus vorbei. Dort werden Magersüchtige zunächst künstlich ernährt und psychotherapeutisch betreut. Anschließend nehmen sie unter ärztlicher Aufsicht zu, bis sie ein „gesundes" Zielgewicht erreicht haben. Nach der Akutbehandlung in der Klinik, die - je nach Fall - sechs Wochen bis drei Monate dauern kann, muss die Psychotherapie ambulant weitergeführt werden.