Die Impfstoffe, die heutzutage verwendet werden, sind alle sehr sicher und haben kaum Nebenwirkungen. Die häufigste Nebenwirkung sind Rötungen und Schmerzen an der Einstichstelle, die z. T. einige Tage andauern können. Weitere Nebenwirkungen sind Müdigkeit, Kopfschmerzen und leichtes Fieber.

Manchmal kann durch eine Impfung mit Lebendimpfstoff - besonders bei Kindern - eine leichte Erkrankung hervorgerufen werden, die dem natürlichen Krankheitsbild ähnelt, aber viel kürzer und leichter verläuft. So kann nach der Masern-Impfung bei Kindern ein leichter Masernausschlag und Fieber auftreten.

In seltenen Fällen können allergische Reaktionen auf Inhaltsstoffe der Impfungen auftreten. Einige Impfstoffe (z. B. der Grippe-Impfstoff) werden in Hühnereiern produziert. Spuren von Hühnereiweiß können deswegen im Impfstoff vorhanden sein. Bei Personen, die eine Allergie auf Hühnereiweiß haben, muss deswegen genau geprüft werden, ob sie den Impfstoff erhalten dürfen oder nicht.

Schwere Nebenwirkungen treten bei den heutzutage sehr sicheren Impfstoffen nur extrem selten auf. Das Risiko, eine schwere Nebenwirkung und negative gesundheitliche Folgen durch eine Impfung zu bekommen ist auf jeden Fall deutlich geringer, als Nebenwirkungen und Folgen, die durch die jeweilige Krankheit auftreten können!