Das Prinzip einer jeden Impfung beruht darauf, das Immunsystem für den Ernstfall zu trainieren. Man verabreicht dem Körper entweder eine kleine Menge abgeschwächter lebender, vermehrungsfähiger Erreger (Lebendimpfstoff) (z. B. bei der Masern-, Mumps-, Röteln- und Windpocken-Impfung), nur Bruchstücke eines Virus oder Bakteriums (Totimpfstoff) (z. B. bei der Grippe-, der Hepatitis A- oder Hepatitis B-Impfung) oder Spuren eines Toxins (Giftstoff), das die Erreger produzieren (z. B. bei der Diphtherie-Impfung). Da das Immunsystem beim ersten Kontakt die verabreichte Substanz noch nicht kennt, produziert es Abwehrstoffe, so genannte Antikörper. Der Körper durchläuft dann eine Infektion, die deutlich schwächer ist, als die Krankheit selbst. In den meisten Fällen wird sie kaum bemerkt. Dabei werden so genannte Gedächtniszellen hergestellt, die das Aussehen eines Erregers mehrere Jahre, manche sogar ein Leben lang speichern können. Die Reaktion des Körpers auf einen „Eindringling", bei der Antikörper und Gedächtniszellen gebildet werden, nennt man Immunantwort. Kommt das Immunsystem eines Tages mit den natürlichen Erregern, beispielsweise dem Rötelnvirus oder Humanen Papillomviren, in Kontakt, kann es sehr schnell reagieren und die Erreger unschädlich machen, bevor sie sich stark vermehren und eine Krankheit ausbrechen kann.

Eine Impfung wirkt deswegen auf zwei Weisen. Zum einen wird verhindert, dass die geimpfte Person erkrankt, zum anderen erreicht man, dass die geimpfte Person die Krankheit auch nicht verbreiten kann! So werden auch Menschen geschützt, die - beispielsweise auf Grund einer chronischen Erkrankung - nicht geimpft werden können. Man spricht auch von Herdenimmunität.