Wenn ein unterer Harnwegsinfekt regelrecht behandelt wird, sind Komplikationen selten. Wird die Infektion verschleppt oder ist der Krankheitsverlauf schwer, kann es zu Blutungen der Blase mit blutigem Urin, eitrigem Ausfluss und bei kompliziertem, chronischem Verlauf zum Absterben des Blasengewebes mit Blasenschrumpfung kommen. Außerdem kann sich ein Harnwegsinfekt auf benachbarte Organe ausweiten. Hiervon sind bei Frauen meist die Vulva und die Vagina betroffen.

Eine Urethritis (Entzündung der Harnröhre) kann eine Verengung der Harnröhre zur Folge haben.

Steigt eine Harnwegsinfektion bis zu den Nieren auf, können dort Nierenabszesse entstehen. Es besteht die Gefahr, dass sich die Erreger von dort über das Blutgefäßsystem im ganzen Körper ausbreiten. Die Folge ist eine so genannte Sepsis (umgangssprachlich Blutvergiftung). Im Rahmen einer Sepsis entsteht hohes Fieber, im schlimmsten Fall kann sie zu lebensbedrohlichem Multiorganversagen mit Blutgerinnungsstörungen führen.