Die meisten Eierstockzysten entstehen auf Grund hormoneller Veränderungen und bilden sich von selbst wieder zurück. In Fällen von wiederkehrenden Zysten kann durch die Gabe einer Antibabypille die Wahrscheinlichkeit von Neubildungen reduziert werden. Auch reine Gelbkörperhormonpräparate (Progesteron, Gestagen) kommen zur Anwendung. Stress und seine Auswirkung auf die Hirnanhangsdrüse ist eine häufige Ursache von Hormonstörungen.

Der Bildung von so genannten Dermoidzysten kann nicht vorgebeugt werden, da es sich um angeborene Fehlbildungen handelt.

Bei einer Endometriose ist eine Hormonbehandlung zugleich Therapie und Vorsorge (Prophylaxe). Sie beugt in der Regel einer Ausdehnung der Krankheit vor und verlangsamt ihr Fortschreiten. Die Gefahr für ein erneutes Auftreten (Rezidivgefahr) liegt bei etwa 30%.

In der letzten Zeit mehren sich Hinweise, dass der Glucosestoffwechsel in Zusammenhang mit der Entstehung von polyzystischen Ovarien steht. Deshalb ist vor allem bei Kinderwunsch das Abklären auf eine Insulinresistenz wichtig. Eine medikamentöse Behandlung mit Hormonpräparaten kann ein Neuauftreten von Zysten verhindern.