Allein der Nachweis von Gardnerella vaginalis oder anaeroben Bakterien in der Scheide macht noch keine Behandlung der Patientin erforderlich. Eine Therapie sollte dann durchgeführt werden, wenn Symptome vorliegen und die Diagnose gesichert ist.

Die Behandlung erfolgt üblicher Weise über die orale (Tabletten) oder intravaginale (Zäpfchen) Gabe von Antibiotika, wie Metronidazol, Clindamyzin oder Nifuratel. Clindamyzin ist zusätzlich als Vaginalcreme erhältlich. Diese Medikamente töten die anaeroben Keime in der Vagina. Dabei gilt Metronidazol in Tablettenform als Mittel der Wahl. Die Dauer und Intensität der Behandlung richtet sich nach der Schwere der Erkrankung, der Regenerationsfähigkeit der Vaginalflora sowie etwaiger Begleitumstände.

Weitere Behandlungsmöglichkeiten sind die intravaginale Verabreichung von Laktobazilluspräparaten, Milchsäure oder Ascorbinsäure (Vitamin C) zum Wiederaufbau des natürlichen Scheidenmilieus.

Auf der Stärkung des Immunsystems unter Bildung von Antikörpern beruht eine intramuskuläre Injektion mit nicht H₂0₂-bildenden Laktobazillen.

Um häufige Arztbesuche zu vermeiden, versuchen sich viele Patientinnen mit Naturprodukten wie Joghurt, Teebaumöl, Essig- oder Zitronenwasser selbst zu helfen. In der Schwangerschaft ist eine orale oder intravaginale Gabe von Metronidazol oder Clindamycin möglich. Eine Therapie wird Schwangeren aufgrund der Risiken für die Frühgeburtlichkeit auch dann empfohlen, wenn keine Symptome auftreten.