Bei der Geburt ist die Scheide (Vagina) eines Mädchens nahezu steril, wird aber schnell - wie alle inneren und äußeren Körperoberflächen - von den primär mütterlichen Keimen besetzt. Sobald dieser Effekt abgeklungen ist, entwickelt die Scheide des Säuglings zunächst eine eigene unspezifische Mischflora aus Haut- und Darmkeimen. Je nach Lebensalter und körperlicher Entwicklung verändert sich später die Vaginalflora.  

Die Vagina gesunder Frauen im fortpflanzungsfähigen Alter dient als Aufnahmeorgan für Penis sowie Sperma und wird so von potenziell krank machenden (pathogenen) Bakterien beeinflusst. Ergänzend kommen Erreger aus dem Analbereich und von der Hautoberfläche hinzu. Ein gesundes Scheidenmilieu ist daher sehr wichtig als einer der natürlichen Abwehrmechanismen im Kampf gegen Infektionen im Vaginalbereich.

Wesentlich in diesem System ist der Säuregrad, der durch die in der Scheide vorhandenen Milchsäurebakterien bestimmt wird. Er schützt vor fakultativ pathogenen Bakterien, denn in saurer Umgebung können Krankheitserreger schlecht oder gar nicht wachsen. Milchsäurebakterien treten in der Scheide in der ersten Woche nach der Geburt - von der  Mutter - und dann wieder ab der ersten Monatsblutung (Menarche) bis zur Menopause auf.

Die Anzahl der Milchsäurebakterien wird vorwiegend über das weibliche Sexualhormon Östrogen gesteuert und ist damit unter anderem abhängig vom Monatszyklus. Während und kurze Zeit nach der Menstruation ist die Anzahl geringer und steigt dann mit zunehmender Östrogenkonzentration erneut an.

Milchsäurebakterien werden auch Laktobazillen oder nach ihrem Entdecker, dem deutschen Gynäkologen Albert Döderlein (1860-1941), Döderlein-Stäbchen genannt. Dabei handelt es sich um große, unbegeißelte, grampositive Bakterien, die Milchsäure produzieren. Entgegen dieser zusammenfassenden Bezeichnung gibt es eine Vielzahl verschiedener Laktobazillen. So haben Forscher mit moderner Labortechnik inzwischen über 200 Laktobazillusstämme in der Scheide gesunder erwachsener Frauen differenzieren können. Hiervon kommen fünf bis sieben Typen in der Scheide bevorzugt vor. Einige Stämme produzieren zusätzlich Wasserstoffperoxid (H2O2), welches besonders gegenüber anaeroben Bakterien, so genannten Anaerobiern, desinfizierend wirkt. Laktobazillen reagieren auf eine Reihe von Breitband-Antibiotika, z.B. Amoxycillin oder Cephalosporine, und werden durch diese abgetötet.

 Andere aerobe und anaerobe Bakterienarten finden sich in mikroskopisch unauffälliger Keimzahl in der gesunden Scheide. Die Zusammensetzung der Arten ist keinesfalls bei allen Frauen gleich. Daneben gibt es außerdem eine Reihe gesunder Frauen, bei denen eine Normalflora aus unbekannter Ursache praktisch nicht erreichbar ist.