Per Definition gilt die Diagnose gesichert, wenn mindestens drei von vier Befunden aus einem Abstrich, der bei einer gynäkologischen Untersuchung entnommen wird, vorliegen:

• Grau-weißer homogener Fluor (Ausfluss), gelegentlich vermehrt, dünnflüssig oder schaumig
• Ein pH-Wert größer als 4,5
• Amingeruch des Fluors, d.h. fischartig. Der Effekt wird durch Zugabe von 10%tiger Kalilauge verstärkt (so genannter „whiff-Test").
• Mikroskopischer Nachweis von Schlüsselzellen (clue cells) bei mindestens 20% der Scheidenzellen, d.h. die Scheidenzellen sind von einem dichten Teppich aus Bakterien, meist Gardnerella vaginalis besiedelt, so dass die Grenzen der einzelnen Zellen nicht mehr erkennbar sind.

Die Diagnose sollte die Abgrenzung zu einer Vaginitis (Scheidenentzündung) und Zervizitis (Entzündung der Schleimhaut des Gebärmutterhalses) umfassen. Das Anlegen von Kulturen zum Nachweis der Bakterien ist im Normalfall aufgrund der aufwendigen Methodik und der Vielzahl der in Frage kommenden Erreger nicht sinnvoll. Eine Ausnahme besteht bei Verdacht auf bestimmte pathogene Keime, z.B. B-Streptokokken während der Schwangerschaft oder falls trotz Therapie keine Wiederherstellung der Normalflora erreicht werden kann.